Arquiteto licenciado pela Escola Universitária de Artes de Coimbra (ARCA-EUAC). Nasceu em Portalegre, em 1967.
Licenciou-se em Engenharia Civil pela Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra, em 1991. Venceu nesse ano, o 3º Prémio do Concurso Inovação & Empresa, promovido pela Júnior Empresa da Universidade de Coimbra, com o projeto de empresa de Consultadoria e Projeto na área da Construção Civil. Em conjunto com o engenheiro João Marcelino, fundou em 1991 a empresa de consultoria e projeto NTC Lda., onde desempenhou as funções de diretor e coordenador técnico até 2009.
João Paulo Pereira é membro efetivo da Ordem dos Engenheiros, na especialidade de Engenharia Civil, desde Janeiro de 1992. Em Novembro de 2011, passou a membro Sénior. Conclui em 1996, o Curso de Pós-Graduação de Qualidade, Conforto e Segurança de Edifícios, integrado no Mestrado em Ciências da Construção pelo Departamento de Engenharia Civil da Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra. Conclui em 2000, o Curso de “Desenho, Construção e Manutenção de Espaços Verdes”, promovido pela Universidade Politécnica de Valência. É membro da Ordem dos Arquitetos – Secção Regional Norte, desde Outubro de 2007.
Entre 1997 e 2009, sempre em coautoria com o arquiteto César Barroso Proença, desenvolveu inúmeros projetos na área do urbanismo e da arquitetura. Fundou, em 1999, a empresa P3P ARQUITECTOS & ASSOCIADOS LDA, que em 2008 passou a integrar também a arquiteta Sofia Pereira.